Sesuai dengan Surat Keputusan Ketua Pimpinan Harian Asosiasi Penelitian dan Perkembangan perkebunan Indonesia (AP3I) No.084/Kpts/DPH/92 tanggal 24 Desember 1992 tentang penataan pengolahan unit pelaksanaan penelitian di lingkungan AP3I, maka pada tanggal 04 Februari 1993 dibentuk Pusat Penelitian Perkebunan (Puslitbun) Medan, Puslitbun Marihat dan Puslitbun Bandar Kuala, penggabungan Puslitbun tersebut dilakukan dalam upaya peningkatan efisiensi pengolahan organisasi.
Perbaikan organisasi PPKS selanjutnya dilakukan pada tahun 1996. Berdasarkan keputusan rapat anggota asosiasi penelitian perkebunan Indonesia dalam suratnya No. 03/RA/APPI 11/1996, Pusat Penelitian Perkebunan Lingkup Asosiai Penelitian Perkebunan Indonesia bertanggung jawab pada Asosiasi Penelitian Perkebunan Indonesia, yang dalam melaksanakan tugasnya mendapatkan pembinaan dan pengawasan dari Dewan Pembinaan Pusat Penelitian Perkebunan.
